Sesuai dengan Undang Undang No. 40 Tahun 2007 tentang Perseroan Terbatas, organ Bank DKI terdiri dari Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS), Dewan Komisaris dan Direksi. Organ Perseroan tersebut memiliki peran kunci dalam perbaikan kualitas penerapan tata kelola perusahaan. Dalam menjalankan tugas dan fungsinya, Organ Perseroan mengacu pada ketentuan perundang-undangan, Anggaran Dasar dan ketentuan lainnya dan memastikan bahwa masing-masing anggota Organ Perseroan memiliki independensi dalam melaksanakan tugas dan fungsinya.

Organ utama Bank DKI dibantu dengan organ pendukung di bawah Dewan Komisaris dan Direksi yang terdiri dari Komite Audit, Komite Pemantau Risiko, Komite Remunerasi dan Nominasi untuk Dewan Komisaris, dan Komite Kebijakan Kredit dan Pembiayaan, Komite Pengarah Teknologi Informasi, Komite Manajemen Risiko dan Komite Sumber Daya Manusia, Asset and Liability Committee untuk Direksi. Selain itu, Direksi juga dibantu dengan Fungsi Manajemen Risiko, Kepatuhan, Audit Intern, dan Corporate Secretary