Sesuai dengan Undang Undang No. 40 Tahun 2007 tentang Perseroan Terbatas, organ Bank DKI terdiri dari Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS), Dewan Komisaris dan Direksi. Dewan Komisaris dan Direksi memiliki wewenang dan tanggung jawab yang jelas sesuai fungsinya masing-masing sebagaimana diamanahkan dalam Anggaran Dasar dan peraturan perundang-undangan. Dewan Komisaris dan Direksi memiliki tanggung jawab untuk memelihara keberlanjutan usaha Bank DKI dalam jangka panjang. Oleh karena itu, Dewan Komisaris dan Direksi harus memiliki kesamaan persepsi terhadap visi, misi, dan nilai-nilai Bank DKI.

Organ Perseroan tersebut memiliki peran kunci dalam perbaikan kualitas penerapan tata kelola perusahaan. Dalam menjalankan tugas dan fungsinya, Organ Perseroan mengacu pada ketentuan perundang-undangan, Anggaran Dasar dan ketentuan lainnya dan memastikan bahwa masing-masing anggota Organ Perseroan memiliki independensi dalam melaksanakan tugas dan fungsinya.

Organ utama Bank DKI dibantu dengan organ pendukung di bawah Dewan Komisaris dan Direksi yang terdiri dari Komite dibawah Dewan Komisaris dan Komite Direksi. Komite dibawah Dewan Komisaris terdiri dari Komite Audit, Komite Pemantau Risiko, Komite Remunerasi dan Nominasi yang mendukung pelaksanaan fungsi pengawasan dan pemberian nasihat Dewan Komisaris. Komite Direksi terdiri dari Komite Kebijakan Kredit dan Pembiayaan, Komite Pengarah Teknologi Informasi, Komite Manajemen Risiko, Komite Sumber Daya Manusia, dan Asset Liability Committee. Dalam melaksanakan pengelolaan Bank DKI, Direksi juga didukung oleh struktur manajemen yang efektif termasuk satuan kerja Manajemen Risiko, Kepatuhan, Audit Intern, dan Corporate Secretary.